Για πρώτη φορά ο ΑΟΚ γνώρισε τη Γ` Εθνική την περίοδο 1989-1990.
Συμμετείχε στο Βόρειο όμιλο μαζί με 19 άλλες ομάδες. Είχε υποβιβαστεί από τη Β` Εθνική την περίοδο 1988-1989 όταν είχε τερματίσει στην τελευταία θέση με 23 βαθμούς, γράφοντας μια μαύρη σελίδα στην ιστορία της ομάδας.
Ευτυχώς τότε ήταν περαστικός από τη Γ` Εθνική όπου είχε παίξει μόνο μια χρονιά. Ανέβηκε στη Β` σαν δεύτερος με 47 βαθμούς(20 νίκες, 7 ισοπαλίες, 11 νίκες), πίσω από την Αναγέννηση Γιαννιτσών που τερμάτισε στην πρώτη θέση με 53 βαθμούς.
Ο ΑΟΚ σ` ένα πρωτάθλημα με πολλές «περιπέτειες» άφησε στην 3η θέση την Κοζάνη με 46 βαθμούς και στην 4η θέση τους Νέους Επιβάτες με 43 βαθμούς. Είχε γνωρίσει εκείνη τη χρονιά το Κυριάκι, τα Φάρσαλα, τη Νιγρίτα, την Πρέβεζα, την Αλεξάνδρεια, το Κορδελιό και το Κιλκίς.
Πριν μετρούσε μια άνοδο απο τη Γ` στη Β` Εθνική όταν μετά από πολλά διοικητικά προβλήματα είχε αναλάβει πρόεδρος ο Παναγιώτης Γεορμπαλίδης. Αρχικά προπονητής ήταν ο συγχωρεμένος Σάκης Δόκας ενώ στη συνέχεα ο συνεργάτης του Τάσος Σιδερίδης για λίγο και ο Καλαματιανός Μπένος. Η παρουσία του ΑΟΚ στη Γ` Εθνική κράτησε εδώ 1 χρόνο στις αρχές της δεκαετίας του 2000.
Ο ΑΟΚ επέστρεψε στη Γ` Εθνική, την περίοδο 2003-2004, μετά από την περίφημη τετραετία στην Α` Εθνική από το 1996 μέχρι το 2000. Την περίοδο 2002-2003 υποβιβάστηκε από τη Β` Εθνική. Ηταν η εποχή που η ομάδα είχε πολλά διοικητικά προβλήματα και το Γενάρη είχαν αναλάβει την ΠΑΕ ο Δημήτρης Τούλης και ο Βασίλης Σιδηρόπουλος(Μάρμορ). Ο ΑΟΚ όμως δεν πρόλαβε να σώσει την παρτίδα ενώ βρήκε διοίκηση και είχαν γίνει μεταγραφές το χειμώνα(Ρουμπίνιο, Σβανίτζε, Παπαδημητρίου Ερρίκος κτλ). Ο Δήμος Φιλιππίδης τράβηξε το κουπί αρχικά και στη συνέχεια τον αντικατέστησε ο Ζόραν Ζούκιτς.
Ο ΑΟΚ με Δημήτρη Τούλη στη θέση του προέδρου που προσπάθησε σε μεγάλο βαθμό αλλά κάπου και αυτός «κώλωσε» στο οικονομικό, συνέχισε στη Γ` Εθνική μέχρι να έρθει ο Μάκης Ψωμιάδης.
Η χρονιά με 9 συνεχόμενες νίκες με τον Ανθουλάκη στον πάγκο το 2005-2006 ήταν η πιο καλή αλλά η ήττα από τη Βέροια στην Καβάλα, ήταν η αρχή του τέλους. Πριν τον Ανθουλάκη στον πάγκο ήταν Δανιήλ- Ιωσηφίδης.
Με Τούλη αγωνίστηκαν καλοί παίκτες: Σέμπουε, Ντι Φραντζέσκο, Λάζορικ, Κανωτίδης, Πακάλτσης, Τσιγιάννης, Νικολαϊδης, Ναγιέφσκι Π, Ναγιέφσκι Τ, Τσαλίκης, Μουρατίδης, Καραβελίδης, Αλήογλου, Βελίκοφ, Μαντζιέρι, Τσιφούτης, Σκαρλάτος κτλ.
Δεν υπήρχε όμως αποτέλεσμα.
Ο ΑΟΚ αναδείχθηκε πρωταθλητής στη Γ` Εθνική την περίοδο 2007-2008 με προπονητές Βουτσακέλη στην αρχή και μετά τον Ζαλίκα.
Η περίοδος 2006-2007 ήταν άγνωστη στη Γ` Εθνική ακόμη και για τον Μάκη Ψωμιάδη που αρχικά είχε προπονητή τον Βαγγέλη Γούτη ενώ είχε φέρει στην Καβάλα εκτός των άλλων 4 Πορτογάλους παίκτες αλλά και τον Ομάρ Ντιέγκ που είχε μεγάλο ποδοσφαιρικό όνομα. Μάλιστα ο Ντιέγκ σε κάποια στιγμή για λίγα παιχνίδια ήταν και πρώτος προπονητής. Το καλοκαίρι όμως του 2007 με Βουτσακέλη προπονητή είχαν έρθει πολλοί καλοί παίκτες: Τάτσης, Κινγκ, Ταραχούλσκι, Σουλτανίδης, Οξύζογλου, Νεντέλκοβιτς(τραυματίστηκε γρήγορα), Χατζής, Θεοδωρέλης, Παντελιάδης, Σαμαράς, Παπακώστας, Λαμπρογιώργος, Καραγιάννης Ζωγραφάκης, Σαρηγιαννίδης, Μυροφορίδης, Στάμος, Αρχοντάκης, Σωτρίνης, Μωυσιάδης, Φούκης, Γάτσος, Βάϊο κτλ. Παράλληλα έπαιζαν και ο Τσαλίκης, ο Πινδώνης, ο Αποστολίδης, ο Σεφερίδης, Βλάχος, Αγαθόπουλος κτλ.
Ο ΑΟΚ στη συνέχεια πήγε τρένο από τη Β` στην Α` Εθνική όπου για 2 χρονιές έγραψε ιστορία μέχρι να υποβιβαστεί στο Περιφερειακό με τη γνωστή απόφαση Γερουλάνου.
Δικαιώθηκε εν μέρει ένα χρόνο αργότερα και τοποθετήθηκε στη Β` Εθνική την περίοδο 2012-2013. Μετά από μια διετία στη Β` Εθνική υποβιβάστηκε στη Γ` Εθνική το καλοκαίρι του 2014. Τη πρώτη χρονιά οι Παλαίμαχοι της ομάδας είχαν το μεγαλύτερο βάρος σε όλα τα επίπεδα. Πρόεδρος ήταν ο Σίμος Ανθουλάκης μια άτυπης διοικούσας επιτροπής. Αρχικά προπονητής ο Γιάννης Ισπυρλίδης και μετά ο Κώστας Ανυφαντάκης. Η ομάδα το πάλεψε πολύ για την άνοδο αλλά η ήττα με τον Πανσερραϊκό στο «Ανθή Καραγιάννη» λίγο πριν το φινάλε του πρωταθλήματος γκρέμισε τα πάντα. Την περίοδο 2015-2016 ο ΑΟΚ πέφτει πάνω στον Αρη και με ήττα στο «Ανθή Καραγιάννη» πολύ νωρίς από την ομάδα της Θεσσαλονίκης, καταλαβαίνει ότι δεν μπορεί να διεκδικήσει την άνοδο. Αρχικά προπονητής ο Ανυφαντάκης και μετά το 2-3 από το Βυζάντιο στο «Ανθή Καραγιάννη» έρχεται ο Ταουσιάνης και για τη νέα χρονιά.
Στη χρονιά 2016-2017 αναλαμβάνει νέα διοικούσα( Αντωνίου, Αθανασίου, Κελεμένης, Δεληκάρης, Κατσαμακίδης) με πρόεδρο τον Μήτρα. Δίπλα τους αρχικά και οι Παλαίμαχοι αλλά σε κάποια στιγμή ήρθε η ρήξη. Προπονητής ο Ταουσιάνης και μεταγραφές δαπανηρές: Παβίσεβιτς, Ζλατκόφσκι, Γιαλούσης, Λαδάκης κτλ.
Η ομάδα όμως πολύ νωρίς μένει εκτός στόχου αφού τα αποτελέσματα ήταν πολύ άσχημα. Φεύγει ο Ταουσιάνης και έρχεται ο Διγκόζης με πολλές αλλαγές στο ρόστερ από το Γενάρη και μετά. Η ουσία είναι ότι μια μεγάλη προσπάθεια από τη διοικούσα πήγε χαμένη και μάλιστα πολύ- πολύ νωρίς.
Από το καλοκαίρι και μετά τα πράγματα είναι γνωστά με τον Ερασιτέχνη να έχει τα ηνία της ομάδας, με Ανυφαντάκη προπονητή και με πολλούς νέους παίκτες. Ο ΑΟΚ έπαιξε καλό ποδόσφαιρο, σε πολλά ματς πλήρωσε την απειρία και τελικά δεν καταφέρνει και φέτος να ξεκολλήσει από τη Γ` Εθνική.
Τ. Π
